En 1884 E.J. Waggoner vino a ser el redactor asociado de Signs of the Times que dirigía su padre, J.H. Waggoner. Dos años después, junto a A.T. Jones, fue el redactor de esa revista. Waggoner continuó siéndolo hasta 1891.

En la Asamblea de la Asociación General de 1888 en Minneapolis, Minnesota, él y Jones presentaron sus famosas series de sermones sobre la justificación por la fe.

En 1892 fue el redactor de Present Truth, en Inglaterra, lugar en el que vivió hasta 1902. Allí dirigió, junto a W.W. Prescott, un seminario de formación de estudiantes, y durante un breve período fue presidente de la Asociación Adventista del Sur de Inglaterra.

Tras regresar a los Estados Unidos, fue empleado durante un breve período en Emmanuel Missionary College (actualmente Andrews).

Problemas familiares hicieron que se divorciara y contrajera segundas nupcias, lo que le supuso la pérdida del empleo en la denominación. Algunos usaron eso para desacreditar su positivo testimonio sobre la justificación por la fe, tal como E. White había advertido que pasaría si era vencido por las tentaciones del enemigo.

Al margen de lo que sucedió al hombre, E. White declaró de su mensaje: “Veo la belleza de la verdad en la presentación de la justicia de Cristo en relación con la ley, tal cual ha expuesto ante nosotros el doctor.” (MS 15, 1888). Escribió también: “Cuando el Señor encomendó a mis hermanos la responsabilidad de proclamar este mensaje, me sentí desbordantemente agradecida a Dios, pues sé que era el mensaje para este tiempo.” (MS. 24, 1888).